1. Paling lambat 1 (satu) hari setelah menerima Pengaduan, petugas meja Pengaduan pada Pengadilan Tingkat Pertama, Banding dan Mahkamah Agung memasukkan ke dalam aplikasi SIWAS MA-RI.
2. Paling lambat 3 (tiga) hari setelah menerima Pengaduan, Kepala Badan Pengawasan meneruskan Pengaduan tersebut kepada Inspektur Wilayah/Hakim Tinggi Pengawas/Auditor yang berwenang untuk dilakukan penelaahan.
3. Penelaah memasukkan hasil telaah ke SIWAS MA-RI paling lambat dalam jangka waktu 5 (lima) hari sejak menerima berkas Pengaduan untuk ditelaah.
4. Inspektur Wilayah berkewajiban mengoreksi hasil telaah dalam jangka waktu 5 (lima) hari.
5. Kepala Badan Pengawasan atau Ketua/Kepala Pengadilan menentukan bentuk tindak lanjut penanganan Pengaduan dalam jangka waktu paling lambat 5(lima) hari sejak diterimanya hasil penelaahan.
6. Tim Pemeriksa dibentuk paling lambat 10 (sepuluh) hari sejak Pengaduan atau pendelegasian penanganan Pengaduan diterima.

7. Tim pemeriksa harus sudah mulai melaksanakan tugas paling lama 5 (lima) hari setelah penunjukkan yang bersangkutan sebagai tim pemeriksa. Dalam hal tim pemeriksa belum dapat melaksanakan tugasnya dalam jangka waktu 5 (lima) hari, maka tim pemeriksa harus memberikan penjelasan yang beralasan kepada pejabat yang berwenang.

8. Laporan Hasil Pemeriksaan yang dilakukan oleh Badan Pengawasan maupun pemeriksaan delegasi, harus disampaikan kepada Kepala Badan Pengawasan Mahkamah Agung selambat-lambatnya 10 (sepuluh) hari setelah selesainya pemeriksaan melalui aplikasi SIWAS MA-RI, dengan melampirkan:
   1. Berita Acara Pemeriksaan
   2. Surat Tugas
   3. Surat Panggilan
   4. Disposisi-disposisi
   5. dokumen-dokumen hasil pemeriksaan, termasuk dokumen yang berupa foto, rekaman film, atau rekaman suara; serta
   6. dokumen lain-lain yang dianggap perlu.
9. Kepala Badan Pengawasan menyampaikan Laporan Hasil Pemeriksaan kepada Ketua Muda/Kamar Pengawasan disertai dengan rekomendasi untuk disampaikan kepada Ketua Mahkamah Agung dalam tenggang waktu selambat-lambatnya 10 (sepuluh) hari sejak diterimanya Laporan Hasil Pemeriksaan dari tim pemeriksa, untuk ditetapkan jenis hukuman disiplin yang akan dijatuhkan.
10. Dalam hal Ketua Mahkamah Agung yang dijatuhi hukuman disiplin, Musyawarah Pimpinan selain Ketua Mahkamah Agung menerbitkan surat keputusan penjatuhan hukuman disiplin selambat-lambatnya dalam waktu 10 (sepuluh) hari sejak musyawarah pimpinan menetapkan hukuman disiplin yang ditandatangani oleh seluruh pimpinan Mahkamah Agung selain Ketua Mahkamah Agung.
11. Dalam hal Wakil Ketua Mahkamah Agung yang dijatuhi hukuman disiplin, Ketua Mahkamah Agung menerbitkan surat keputusan penjatuhan hukuman disiplin selambat-lambatnya dalam waktu 10 (sepuluh) hari sejak menerima penetapan penjatuhan hukuman disiplin dari Wakil Ketua Mahkamah Agung sebagai Ketua Tim. Pasal 37 ayat 2 PERMA Nomor 9 Tahun 2016
12. Dalam hal Ketua Muda/Kamar yang dijatuhi hukuman disiplin, Wakil Ketua Mahkamah Agung menerbitkan surat keputusan penjatuhan hukuman disiplin selambat-lambatnya dalam waktu 10 (sepuluh) hari sejak.
13. Dalam hal Hakim Agung, Hakim Ad Hoc pada Mahkamah Agung, Panitera dan Eselon 1 yang dijatuhi hukuman disiplin, Ketua Muda/Kamar Pengawasan menerbitkan surat keputusan penjatuhan hukuman disiplin selambat-lambatnya dalam waktu 10 (sepuluh) hari sejak menerima penetapan penjatuhan hukuman disiplin dari Ketua Muda/Kamar Pengawasan sebagai Ketua Tim.
14. Dalam jangka waktu paling lama 10 (sepuluh) hari sejak menerima Laporan Hasil Pemeriksaan dari Kepala Badan Pengawasan yang disertai dengan rekomendasi, Ketua Muda/Kamar Pengawasan meneruskan kepada Ketua Mahkamah Agung, disertai pendapat mengenai sanksi/hukuman yang akan dijatuhkan.
15. Ketua Mahkamah Agung menetapkan sanksi/hukuman disiplin berat, sedang atau ringan dalam tenggang waktu 20 (dua puluh hari) sejak menerima pendapat dari Ketua Muda/Kamar Pengawasan.
16. Sekretaris Mahkamah Agung, Direktur Jederal Badan Peradilan terkait, Kepala Badan menerbitkan surat keputusan penjatuhan hukuman disiplin selambat-lambatnya dalam waktu 10 (sepuluh) hari sejak menerima penetapan penjatuhan hukuman disiplin terhadap hakim dan aparatur peradilan di Mahkamah Agung dan Badan Peradilan dibawahnya.

17. Apabila berdasarkan hasil pemeriksaan yang dilakukan oleh Tim Pemeriksa dari Badan Pengawasan menyimpulkan bahwa Terlapor tidak terbukti melakukan perbuatan yang diadukan, maka Ketua Muda/Kamar Pengawasan Mahkamah Agung menyatakan Pengaduan ditutup.

18. Apabila berdasarkan hasil pemeriksaan yang dilakukan oleh Tim Pemeriksa dari Pengadilan Tingkat Banding atau Pengadilan Tingkat Pertama menyimpulkan bahwa Terlapor tidak terbukti melakukan perbuatan yang diadukan, maka Kepala Badan Pengawasan menyatakan Pengaduan ditutup.
19. Surat pernyataan ditutupnya Pengaduan dikirimkan oleh Badan Pengawasan kepada Pimpinan Pengadilan yang melakukan pemeriksaan dengan tembusan kepada instansi tempat Terlapor bertugas.
20. Dalam hal Pengaduan tidak terbukti, maka Pengaduan ditutup dan dapat dibuka kembali apabila terdapat bukti baru dikemudian hari.
21. Terhadap Terlapor yang Pengaduannya tidak terbukti dipulihkan nama baik, kedudukan, harkat dan martabatnya dalam bentuk surat keterangan yang dikeluarkan oleh Kepala Badan Pengawasan.

Dasar Hukum : Perma 09 Tahun 2016 tentang Pedoman Penanganan Pengaduan (Whitsle Blowing System) di Mahkamah Agung dan Badan Peradilan yang berada dibawahnya